網絡系統安全方面，內部局域網采用路由和代理方式接入校園網，及嚴格的登陸認證系統，防治內部網絡攻擊；通過校內的網絡驗證系統，及入侵檢測防火墻,對Internet 流量數據進行過濾和監控，預防攻擊。病毒防護方面，利用校內部署的防病毒中心，任一機器設備均自動升級防護，實現全網分布式的病毒防護。存儲安全方面，使用數據備份軟件在保護重要數據的同時，全面提升數據的可用性，使實驗數據在災難發生后或者系統故障停機時都可以很容易地恢復數據。
學校設立專項經費，并配有專人負責校園網絡的日常管理和維護，有問題及時上報，科學、高效、嚴謹的管理制度保證了故障處理迅速、維護成本最低。對于大規模網絡故障，由網絡設計相關專業老師，人員參與維護，能夠做到快速排查故障。
仿真實驗教學中心的實驗教學管理平臺在應用層面上采用了一整套完善的授權體系，通過對角色、用戶設置相應的機構權限、操作權限、指標項權限來保證業務操作的安全性，控制不同的登錄用戶權限，實現系統的安全；在數據層面上充分利用數據庫提供的安全機制，在數據庫備份、數據庫恢復方面支持包括數據庫日志備份、事務備份、數據庫自動備份、災難恢復等多種方法；系統層面的安全特性通過系統錯誤捕獲、日志功能實現。
中心建立了網絡防擁堵機制，服務器實時監測訪問流量，當流量接近網絡的實際最大帶寬時，拒絕用戶接入。
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