本站于2019年獲批設站，主要研究方向有流域水環境與水資源演變規律，水資源配置與仿真模擬優化，水土資源利用與生態安全，河流湖泊演變規律與治理工程，河口、海岸動力學及泥沙運動，海洋災害形成機理及防災減災，水工與海洋結構災變及安全評價，水工巖土與地下空間開發，水環境治理與生態修復，水利信息學與數字水利工程。依托湖南省唯一的“水利工程”一級博士點，在第四次國家學科評估中，“水利工程”學科被評定為B-，位于全國第15名，并入選2018年湖南省高等學校“雙一流”建設項目“國內一流培育學科”，在華南地區具有獨特的區位優勢；學科團隊中有教育部新世紀優秀人才支持計劃人選、教育部青年長江學者等人才27人；在研究條件方面，擁有華南地區規模最大、設備最先進的水利類綜合實驗研究機構，建設有“水沙科學與水災害防治湖南省重點實驗室”、“洞庭湖水環境治理與生態修復湖南省重點實驗”、“湖南省環境保護河湖污染控制工程技術中心”、“疏浚技術整備國家工程研究中心--長沙理工大學分中心”、“長沙理工大學-廣東金東海集團有限公司研究院”等科研平臺，擁有水運科學研究實驗研究場地15萬平方米，科研設備價值約5000萬元。長期以來，學科扎根湖南，依托水利、水運、環境、化學、計算機、數學等多學科交叉優勢，多年來緊密圍繞我國水利、水運、水環境、智慧水利建設中出現的技術難題，進行了深入的研究，近5年來相關研究課題中，國家自然科學基金重點項目2項，國家自然科學基金項目20余項，省部級項目60多項，所取得的研究成果榮獲二十余項科技獎項，部分成果被納入規范和標準。水利工程博士后科研流動站長期招收水利工程、船舶與海洋工程、環境工程、土木工程、數學、計算機科學與技術、測繪科學與技術等專業的優秀博士人才進站從事博士后研究工作。